Depuis 2013, l’EPTB assure l’animation sur trois aires d’alimentation de captages identifiées prioritaires au titre du SDAGE et du Grenelle de l’environnement :
- Aire d’alimentation de captage de Beauregard (Rhône), qui alimente en eau potable près de 66 000 usagers, dont le maître d’ouvrage est la Communauté d’Agglomération de Villefranche Beaujolais Saône ;
- Aire d’alimentation de captage de la Plaine des Chères (Rhône), qui couvre les besoins de 110 000 administrés, dont les maîtres d’ouvrage sont le Syndicat Mixte d’Eau Potable Saône Turdine et le Syndicat Intercommunal des Eaux d’Anse & Région ;
- Aire d’alimentation des captages de Civrieux-Massieux (Ain), avec une production annuelle de 1 900 000 m3, alimente en eau potable près de 24 000 usagers, et dont le maître d’ouvrage est le Syndicat d’Eau Potable Bresse Dombes Saône, nouvellement créée (au 1er janvier 2019).
